Якунин занимает руководящую должность уже девять лет. На пост президента ОАО «Российские железные дороги» он был назначен в июне 2005 года. До этого, с октября 2003 года, он был первым вице-президентом компании. С февраля 2002 года до преобразования министерства путей сообщения в РЖД, произошедшего в 2004 году, Владимир Якунин был заместителем министра.
Три года назад, в июне 2011 года, контракт с Якуниным был продлен в третий раз. В прошлом году появились сообщения о вероятной отставке Якунина и назначении на его пост вице-президента РЖД Александра Мишарина. Пресс-служба правительства опровергла эту информацию.
